O LEIR está organizado em núcleos, que congregam pesquisadores das universidades-sede e de outras instituições a eles associados. Os núcleos do LEIR promovem eventos acadêmicos regulares, além de serem responsáveis pela publicação de livros e periódicos. O LEIR se organiza como uma rede de pesquisa e os nós que a integram têm total autonomia de organização e atuação.
O GLEIR-Unesp é o núcleo sediado na Universidade Estadual Paulista, campus de Franca. Integrado por pesquisadores da Unesp e de outras instituições (cf. Equipe), o GLEIR-Unesp oferece a formação na Graduação e Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado). O GLEIR-Unesp é liderado pela professora Margarida Maria de Carvalho.
O LEIR-MA-USP é o núcleo sediado na Universidade de São Paulo e conta com um site e publica a revista Mare Nostrum. Integrado por pesquisadores de diversas instituições (cf. Equipe), o LEIR-MA-USP oferece a formação na Graduação e Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado). Promove anualmente Colóquios reunindo seus pesquisadores e convidados. O LEIR-MA-USP é liderado pelo professor Norberto Luiz Guarinello, que também responde pela coordenação nacional do LEIR.
O LEIR-UFES é o núcleo sediado na Universidade Federal do Espírito Santo e conta com um site e publica a revista Romanitas – Revistade Estudos Greco Latinos. Integrado por pesquisadores da UFES e de outras instituições (cf. Equipe), o LEIR-UFES oferece a formação na Graduação e Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado). Promove anualmente Colóquios reunindo seus pesquisadores e convidados. O LEIR-UFES é liderado pelo professor Gilvan Ventura da Silva.
O LEIR-UFG é o núcleo sediado na Universidade Federal de Goiás. Integrado por pesquisadores da UFG e de outras instituições (cf. Equipe), o LEIR-UFG oferece a formação na Graduação e Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado). O LEIR-UFG é liderado pela professora Ana Teresa Marques Gonçalves.
O LEIR-UFOP é o núcleo sediado na Universidade Federal de Ouro Preto e conta com um site [ENDEREÇO DO SITE NOVO] e publica a coleção de livros Impérios Romanos. Integrado por pesquisadores da UFOP e de outras instituições (cf. Equipe), o LEIR-UFOP oferece a formação na Graduação e Pós-Graduação (Mestrado e Doutorado). Promove anualmente Colóquios reunindo seus pesquisadores e convidados. O LEIR-UFOP é liderado pelos professores Fábio Faversani e Fábio Duarte Joly.